文献类型：期刊文章

作　　者：曾燕[1,2] 简平[1,2] 倪学勤[1,2] 周毅[1,2] 祝辉[1,2] 曾东[1,2]

机构地区：[1]四川农业大学动物医学院动物微生态研究中心,雅安625014 [2]动物疫病与人类健康四川省重点实验室,雅安625014

出　　处：《动物营养学报》

基　　金：教育部留学回国人员科研启动基金资助项目(200835-1);四川省学术带头人培养基金资助项目

年　　份：2015

卷　　号：27

期　　号：10

起止页码：3256-3262

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2014、CAB、CAS、CSCD、CSCD2015_2016、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：本研究旨在比较蒙古羊瘤胃液相和固相细菌菌群多样性。应用Illumina Miseq测序平台的16S r RNA基因扩增子技术对采集自5只蒙古羊的瘤胃液相和固相样品进行高通量测序,采用UPARSE-操作分类单元(OTU)法和非加权组平均(UPGMA)法分析试验结果。结果表明,共获得91 971条序列和15 321个OTU,平均每个样品有13 138条序列和2 189个OTU。液相与固相样品相比:门水平分类上存在显著性差异的优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)(P<0.05),拟杆菌门在液相和固相样品中的比例分别为67%和45%;属水平分类上存在显著性差异的优势菌群为普氏菌属(Prevotella)和1种未鉴定(unknown)的属(P<0.05),液相样品优势菌群为普氏菌属,所占比例为53%,而固相样品优势菌群来自1种未鉴定的属,所占比例为32%;种水平分类上存在显著性差异的是栖瘤胃普雷沃菌(Prevotella ruminicola)(P<0.05),在液相和固相样品中所占的比例分别为41%和11%。与液相样品相比,固相样品的alpha多样性较好;主成分分析(PCA)和主坐标分析(PCo A)显示来自同一动物个体的瘤胃液相和固相样品聚类在一起。结果提示,蒙古羊瘤胃液相和固相样品均具有丰富的细菌菌群;与液相样品相比,固相样品细菌的多样性更好。

关 键 词：ILLUMINA MiSeq  液相 固相 细菌  多样性

分 类 号：S826]