文献类型：期刊文章

作　　者：蒋雪梅[1] 胡廷章[2] 向兴胜[2] 戚文华[2]

机构地区：[1]重庆三峡学院环境与化学工程学院,重庆404100 [2]重庆三峡学院生命科学与工程学院,重庆404100

出　　处：《西南农业学报》

基　　金：重庆三峡学院人才引进项目(12RC03);重庆三峡学院科研创新团队(201302);重庆三峡学院青年项目(13QN12)

年　　份：2015

卷　　号：28

期　　号：2

起止页码：527-533

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2014、CAB、CSCD、CSCD_E2015_2016、JST、RCCSE、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：本文利用生物信息学方法搜索毛果杨全基因组中完整型SSRs序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,毛果杨全基因组共统计了143 810个SSRs序列,占其全基因组长度的比率为0.63%,其全基因组SSRs序列出现频率为331.26个/Mb。毛果杨基因组中SSRs数量最多的是第1条染色体,其次是第2、5、6条染色体,数量较少的是第9条染色体。毛果杨各条染色体上SSRs序列出现频率在310-360个/Mb,无明显差异。通过检验表明,毛果杨染色体长度与其所含SSRs频率和密度无相关性（Kendall＇s tau-b,P〉0.05;Spearman＇s rho,P〉0.05）,而其染色体长度与其所含SSRs数量具有高度正相关性（r〉0.85,P〈0.01）。毛果杨全基因组中单核苷酸SSRs序列数量最多（42.79%）,其次依次是二核苷酸〉三核苷酸〉四核苷酸〉五核苷酸〉六核苷酸重复类型。毛果杨全基因组SSRs各重复类型拷贝数分布范围为4-111次,主要集中在4-30次。

关 键 词：杨树 全基因组 微卫星标记 生物信息学

分 类 号：S823] S826]