文献类型：期刊文章

作　　者：赵德刚[1,2] 李岩[1,2] 赵懿琛[3] 赵丹[1] 吕立堂[1] 刘世会[3] 宋莉[1] 董璇[1,2] 冯怡[1]

机构地区：[1]贵州大学生命科学学院/农业生物工程研究院山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室,贵州贵阳550025 [2]贵州大学绿色农药与农业生物工程国家重点实验室培育基地,贵州贵阳550025 [3]贵州大学药学院,贵州贵阳550025

出　　处：《山地农业生物学报》

基　　金：国家863计划"特色植物功能基因组学研究与应用"子课题任务"杜仲功能基因组研究与应用"(2013AA102605-05);国家自然科学基金"杜仲抗真菌蛋白基因克隆与功能研究"(No.31360272)资助

年　　份：2015

卷　　号：34

期　　号：1

起止页码：1-12

语　　种：中文

收录情况：ZGKJHX、普通刊

摘　　要：以10年以上树龄的杜仲雌株当年新发枝条上的幼果、嫩芽、叶片和树皮和雄株新发枝条上嫩芽、叶片和树皮为材料,采用Illumina Hi SeqTM2000高通量测序技术进行转录组测序,获得雌株51,574,000条、雄株52,430,502条Clean Reads数据,分别包含总长度为4,641,660,000nt和4,718,745,180nt核苷酸序列数据信息;经拼接组装,获得雌株基因信息长达69,461,730nt的423,339个Contig片段,获得雄株基因信息长达94,814,201nt的542,383个Contig片段;经进一步拼接,分别获得平均长度为288nt的雌株159,434个Unigene片段和平均长度为231nt的雄株257,288个Unigene片段,共有48,761个表达序列标签(EST)。以BLAST(E-value1.0E-5)将Unigene对NR、NT、KEGG和COG数据库进行比对,获得CDS序列35,541条,再通过ESTscan分析获得CDS片段13,220条,共获得48,761条CDS片段。与NR数据库比对发现杜仲雌、雄株转录组Unigene与葡萄相似序列最多(33.8%),其次是蓖麻(11.4%)和杨树(11.2%),与拟南芥的相似序列仅2.3%;根据Unigene与COG数据库比对结果,可将有COG功能的7,571条Unigene分为24类,而根据GO数据库注释,杜仲转录组有GO功能注释的23,314条Unigene可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类55分支。与KEGG数据库比对,杜仲雌、雄株转录组17,468条Ungenes分属128类代谢通路,其中有2,399条属于次生物质代谢途径,314条参与萜类化合物生物合成途径。

关 键 词：杜仲  转录组 基因功能

分 类 号：Q785.786]