文献类型：期刊文章

作　　者：王东[1] 曹玲亚[1] 高建平[1]

机构地区：[1]山西医科大学药学院,山西太原030001

出　　处：《中草药》

基　　金：国家自然科学基金资助项目(81072987);国家"十二五"科技支撑计划(2011BAI07B07)

年　　份：2014

卷　　号：45

期　　号：16

起止页码：2390-2394

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2011、CAB、CAS、CSA、CSCD、CSCD2013_2014、EMBASE、IC、IPA、JST、RCCSE、RSC、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：目的采用生物信息学方法分析党参转录组文库EST序列简单重复序列(SSR)位点,快速、大规模鉴定党参功能性SSR。方法使用MicroSAtellite(MISA)软件分析党参高通量转录组SSR的分布频率和重复基元的类型特征,利用软件Primer3设计引物,并通过SSRFinder校验SSR,筛选SSR引物。结果从45 511条Unigenes中共搜到7 327个SSR位点,分布在6 017条Unigenes序列中,发生频率为12.22%,共有415种重复基元,平均每4 520 bp含1个SSR位点,二核苷酸重复占主要地位,发生频率为58.67%,在所有重复基元中,AG/CT出现频率最高。共获得4 329条SSR引物。结论大规模的SSR分子标记开发将有助于党参遗传多样性与分子育种研究。

关 键 词：党参 转录组 SSR MicroSAtellite软件  引物

分 类 号：R282.12[中药学类]