文献类型：期刊文章

作　　者：谷万港[1] 陈雪琴[1] 张丽[2] 张旋[3]

机构地区：[1]遵义医学院基础医学院免疫学教研室,贵州遵义563000 [2]昆明医科大学学报编辑部 [3]药学院暨云南省天然药物药理重点实验室,云南昆明650500

出　　处：《昆明医科大学学报》

基　　金：贵州省科技厅联合基金资助项目(黔科合J字LKZ[2013]21号);遵义医学院博士启动基金资助项目(谷万港博士主持);遵义医学院大学生创新实验计划项目(院发[2013]6502)

年　　份：2014

卷　　号：35

期　　号：9

起止页码：44-47

语　　种：中文

收录情况：CAS、JST、RCCSE、ZGKJHX、普通刊

摘　　要：目的发现新的CXCR4抑制剂,进一步对筛选出的抑制剂与CXCR4的分子结合模型进行分析.方法以CXCR4为靶点,应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PyRx对ZINC数据库中的化合物进行虚拟筛选.CXCR4晶体结构(PDB ID:3ODU)从PDB下载,通过AutoDockTools对结构进行处理.化合物的三维结构从ZINC数据库下载,通过虚拟筛选工具PyRx导入,转换成pdbqt格式.PyRx运行AutoDock Vina以后,筛选以后的化合物构象导入AutoDockTools进行分析,数据处理用PyMOL完成.结果经过高通量虚拟筛选,从ZINC数据库中大约2万个化合物中得到1 000个类药小分子化合物数据库,再从中进一步筛选靶向CXCR4的抑制剂.经过对建立的化合物数据库的3轮筛选,发现了5个高活性的CXCR4抑制剂.结论应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PyRx,以CXCR4为靶点,对ZINC数据库的2万个化合物进行虚拟筛选,发现5个新的CXCR4抑制剂.

关 键 词：CXCR4 抑制剂 虚拟筛选  PyRx  

分 类 号：Q789]