文献类型：期刊文章

作　　者：梁文娟[1,3] 崔聪聪[1,3] 段广才[2,3] 刘慧莹[2] 徐亚珂[2] 郗园林[2] 杨海燕[2] 陈帅印[2]

Liang Wenjuan;Cui Congcong;Duan Guangcai;Liu Huiying;Xu Yake;Xi Yuanlin;Yang Haiyan;Chen Shuaiyin(Department of Epidemiology and Statistics,School of Public Health,Xinxiang Medical University,Xinxiang 453003,China;Department of Epidemiology,College of Public Health,Zhengzhou University,Zhengzhou 450001,China;Henan Innovation Center of Molecular Diagnosis and Laboratory Medicine,Xinxiang Medical University,Xinxiang 453003,China)

机构地区：[1]新乡医学院公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室,453003 [2]郑州大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系,450001 [3]新乡医学院分子诊断与医学检验技术河南省协同创新中心,453003

出　　处：《中华流行病学杂志》

基　　金：国家重大科技专项(2013ZX10004607);新乡医学院分子诊断与医学检验技术河南省协同创新中心(XTCX一2015一PY4);新乡医学院博士启动课题(XYBSKYZZ201805).

年　　份：2018

卷　　号：39

期　　号：12

起止页码：1607-1610

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、CAS、CSCD、CSCD2017_2018、JST、PUBMED、RCCSE、SCOPUS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：目的探讨基于成簇规律间隔的短回文重复序列(CRJSPR)1上游侧翼序列对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。方法通过BLAST重复序列识别并获得全基因组测序大肠埃希菌和志贺菌的CRISPRs和CRISPR相关基因(CRISPR-associated,cas),并分析其种系;选取CRISPRs上、下游各500bp侧翼序列,使用ClustalX进行序列比对;采用PCR方法扩增CRISPR1上游侧翼序列,以确定其对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。结果73.4%(149/203)的大肠埃希菌存在I-E型CRISPR/Cas系统,包含了A、B1、D种系;8.4%(17/203)的大肠埃希菌存在I-F型CRISPR/Cas、17.2%(35/203)的大肠埃希菌不存在CRISPR/Cas,这2种大肠埃希菌均属于B2种系;9株志贺菌均存在I-E型CRISPR/Cas。在大肠埃希菌(B2种系外)、志贺菌CRISPR1上游和大肠埃希菌(B2种系)各存在61bp侧翼序列,序列一致性为99%,且有种属特异性,PCR扩增此区域鉴定大肠埃希菌和志贺菌的灵敏度和特异度均>91%。结论基于CRISPR1上游序列可用来鉴定大肠埃希菌和志贺菌,且具有良好的效果。

关 键 词：大肠埃希菌 志贺菌 成簇规律间隔的短回文重复序列  侧翼序列 鉴定  

分 类 号：R446.5]