文献类型：期刊文章

作　　者：魏丹丹[1] 石俊霞[1] 张夏瑄[1] 陈世春[1] 魏冬[1] 王进军[1]

机构地区：[1]西南大学植物保护学院昆虫学及害虫控制工程重庆市重点实验室,重庆400716

出　　处：《应用生态学报》

基　　金：国家自然科学基金项目(31171851;31301667);中央高校基本科研业务费专项资金项目(XDJK2013C051);西南大学博士基金项目(SWU112046)资助

年　　份：2014

卷　　号：25

期　　号：6

起止页码：1799-1805

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2011、BIOSISPREVIEWS、CAS、CSCD、CSCD2013_2014、EMBASE、GEOBASE、IC、JST、PUBMED、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、ZR、核心刊

摘　　要：以桔小实蝇为材料,从其转录组数据库中筛选功能微卫星(EST-SSR)序列,并进行SSR位点的信息分析.共获得1890个EST-SSR位点,可用于引物设计的SSR数为1296个.EST-SSR平均分布频率为1/10.21 kb,但这种分布频率在不同重复类型SSR之间相差很大.其中,三碱基重复SSR在该种昆虫的EST-SSR中出现的频率最高,结合其他文献推断三碱基重复可能是所有昆虫EST-SSR的优势类型.本文共设计了42对桔小实蝇EST-SSR引物,其中有18对引物可以扩增得到预期大小的条带.最后,探讨了基于转录组数据发掘昆虫SSR的前景和挑战,以及进行转录组EST-SSR筛选时应注意的问题.

关 键 词：微卫星 转录组 高通量测序 分子标记  实蝇

分 类 号：S433]