文献类型：期刊文章

作　　者：刘智新[1,2] 杨洪强[2] 包丽华[3]

机构地区：[1]山东农业大学信息科学与工程学院应用物理系,泰安271018 [2]山东农业大学作物生物学国家重点实验室园艺科学与工程学院,泰安271018 [3]山东农业大学化学与材料科学学院,泰安271018

出　　处：《生物物理学报》

基　　金：国家自然科学基金项目(31171923)~~

年　　份：2013

卷　　号：29

期　　号：3

起止页码：222-234

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2011、CAS、CSCD、CSCD2013_2014、JST、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：从蛋白质氨基酸序列的组成出发,借鉴物理学中粒度的思想,提出了蛋白质氨基酸序列的粒度概念,使用蛋白粒度对氨基酸序列进行分析,进一步给出了蛋白粒度的阶、蛋白粒度的界、蛋白粒度的极限、蛋白粒度增量等概念。发现了一些有益的现象:蛋白粒度沿序列不均匀分布;每条蛋白质序列都有各自的蛋白粒度极限;对于所有蛋白质来讲,蛋白的各阶粒度都有共同的界。从蛋白质预测的应用角度还可以得出:蛋白粒度包含了氨基酸序列的组成信息和排列信息,还包含了同种氨基酸的互邻信息;更可贵的是,蛋白粒度增量自然包含了氨基酸序列的长度信息。为了证明蛋白粒度包含了这些信息,分别选择Chou的359个蛋白的二级结构分类数据集,以及Zhou和Doctor的98个凋亡蛋白的定位数据集进行预测,通过Jackknife检验,总体预测精度分别为97.2%和94.9%,比最初的预测分别高出了13和22个百分点,预测结果都有了大幅度的提升。理论分析结论和预测实际结果都表明,蛋白粒度及有关概念的提出是合理的,它从物质凝聚成粒这个角度出发,对氨基酸形成蛋白质序列的过程进行了揭示和刻画,具有一定的生物学理论与实践价值。

关 键 词：蛋白粒度  蛋白粒度的界  蛋白粒度的极限  蛋白粒度增量  蛋白预测  

分 类 号：Q61]