文献类型：期刊文章

作　　者：宋长新[1] 雷萍[2] 王婷[1]

机构地区：[1]青海师范大学计算机学院,青海810008 [2]深圳市水质检测中心,深圳518000

出　　处：《基因组学与应用生物学》

基　　金：青海省135高层次人才培养基金资助

年　　份：2013

卷　　号：32

期　　号：1

起止页码：135-141

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2011、CAB、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD_E2013_2014、JST、WOS、ZGKJHX、ZR、核心刊

摘　　要：WGCNA(weighted geneco-expression network analysis)算法是一种构建基因共表达网络的典型系统生物学算法,该算法基于高通量的基因信使RNA(mRNA)表达芯片数据,被广泛应用于国际生物医学领域。本文旨在介绍WGCNA的基本数理原理,并依托R软件包WGNCA以实例的方式介绍其应用。WGCNA算法首先假定基因网络服从无尺度分布,并定义基因共表达相关矩阵、基因网络形成的邻接函数,然后计算不同节点的相异系数,并据此构建分层聚类树(hierarchical clusteringtree),该聚类树的不同分支代表不同的基因模块(module),模块内基因共表达程度高,而分数不同模块的基因共表达程度低。最后,探索模块与特定表型或疾病的关联关系,最终达到鉴定疾病治疗的靶点基因、基因网络的目的。

关 键 词：WGCNA算法  基因共表达网络  R软件

分 类 号：Q78]