文献类型：期刊文章

作　　者：时慧[1] 王玉[1] 杨路成[1] 丁兆堂[1]

机构地区：[1]青岛农业大学茶叶研究所,山东青岛266109

出　　处：《园艺学报》

基　　金：山东省科技发展计划项目(2011GNC11010);青岛市科技发展计划项目(10-3-3-17-nsh);山东省自然科学基金项目(ZR2010CL021;2009ZRB01654);国家科技支撑计划项目(2011BAD01B01)

年　　份：2012

卷　　号：39

期　　号：7

起止页码：1341-1352

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2011、CAB、CAS、CSCD、CSCD2011_2012、JST、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：运用CHIPS、CUSP和CodonW软件程序分析自主克隆的茶树(Camellia sinensis)ICE1(GenBank登录号JX029153)的密码子的偏性,并与茶树基因组及萝卜等7种植物的ICE1密码子偏性进行比较。结果表明,茶树ICE1偏好于以A/T结尾的密码子;与茶树基因组密码子偏性相比,发现只有6种氨基酸密码子偏性完全一致。进一步研究发现ICE1的碱基组成在单子叶植株大麦与7种双子叶植物分化后发生了较大的变化。在聚类分析中,基于基因CDS序列的聚类不能正确反映物种间的进化关系,而基于密码子偏性参数相对密码子使用度(RSCU)的聚类更适合作为系统发育分析的参考。与3种外源受体密码子使用频率比较发现,与大肠杆菌基因组密码子使用频率差值较大的有25个,与酵母基因组差值较大的有15个,与拟南芥基因组差值较大的有10个,这预示着ICE1在拟南芥中的表达效率最高,若要在其他外源受体中进行高效表达,尚需对其密码子进行优化。

关 键 词：茶树 ICE1  密码子用法 密码子偏性 聚类分析  抗寒

分 类 号：S571.1]