文献类型：期刊文章

作　　者：申小娜[1] 王琪[2] 夏连续[1] 张恩民[1] 梁莹[1] 徐冬蕾[1] 蔡虹[1] 魏建春[1] 张慧娟[1] 王艳华[1] 张志凯[1] 王宇萌[1] 王娜[1] 武利涛[1] 宋志忠[3] 张洪涛[4] 陈晨[1] 俞东征[1] 海荣[1]

机构地区：[1]中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室,北京100710 [2]中国科学院北京基因组研究所 [3]云南省地方病防治所鼠疫防控技术重点实验室 [4]云南省丽江市疾病预防控制中心

出　　处：《中国地方病学杂志》

基　　金：基金项目：科技部重大专项（2004BA718807、2008ZX10004-008）

年　　份：2011

卷　　号：30

期　　号：5

起止页码：476-480

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2008、CAS、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2011_2012、EMBASE、IC、JST、核心刊

摘　　要：目的测定和分析我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌株（耶尔森菌）的全基因组序列，探讨玉龙疫情菌株（D106004）与邻近两个疫源地剑川菌株（D182038）和西藏菌株（Z176003）的亲缘关系。方法采用全基因鸟枪法及Solexa方法对3株鼠疫菌株进行全基因组测序．并进行比较基因组学分析。基因组间编码序列比较分析采用BLAST软件进行，基因组间重排分析采用MAUVE软件进行。结果鼠疫菌株D106004、D182038、Z176003均具有1个染色体和3个质粒，菌株间染色体、质粒特征基本相似；3株菌株间编码序列的蛋白相邻类的聚簇（COG）功能分类及插入序列数目比较差异无统计学意义（x2值分别为3．03、0．257，P均〉O．05）。菌株间编码序列、单核苷酸多态性（SNPs）和基因组重排结果显示，在3株菌株中，有2882个基因具有100％的同源性。其中D106004菌株预测的3636个基因中与D182038菌株一致的基因有2994个，90％以上相似的基因有240个；与Z176003菌株一致的基因有3113个，90％以上相似的基因有200个；D106004菌株与Z176003、D182038菌株的同义SNPs数为59、68个，非同义SNPs数为104、203个；D106004与Z176003菌株之间可分为11个重排片段，较之D106004与D182038菌株之间的16个重排片段数目明显减少。结论3株鼠疫菌株基因之间具有高度同源性，D106004与Z176003菌株之间的亲缘关系较之与D182038菌株更为接近．玉龙疫源地菌株可能是由西藏疫源地菌株进化而来。

关 键 词：耶尔森菌 鼠疫 比较基因组学分析  

分 类 号：R51]