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日本血吸虫被膜蛋白Sj-TSP2基因序列多态性分析
An investigation of polymorphism in the tetraspanin-2 gene of Schistosoma japonicum
文献类型:期刊文章
机构地区:[1],同济大学传染病与疫苗研究所,上海, 200092
基 金:基金项目:国家973重点基础研究发展计划(2007CB513100)
年 份:2011
卷 号:38
期 号:5
起止页码:257-260
语 种:中文
收录情况:CAS、ZGKJHX、普通刊
摘 要:目的分析日本血吸虫Sj—TSP2序列多态性。方法抽提单条日本血吸虫成虫的总RNA,逆转录合成cDNA,PCR扩增目的片段。将目的片段克隆到载体pBlue2KSM中转化大肠杆菌,挑取10个阳性克隆测序。将获得的Sj—TSP2序列导入DnaSP序列分析软件进行分析,计算等位基因数目,鉴定单核苷酸多态性位点(singlenuclearpolymorphism,SNP)。同时将序列导入Mega4序列分析软件,计算错义突变率与同义突变率的比值(dN/dS),进行进化分析,构建进化树。结果共抽提了60条日本血吸虫成虫的总RNA,其中46条通过RT—PCR获得了目的基因Sj—TSP2;序列分析共鉴定了20个等位基因,主要是由点突变引起,Sj—TSP'2-10是优势等位基因。共鉴定了85个SNP位点,对应于63个密码子的变异,其中36个是同义突变,27个是错义突变,有22个错义突变发生在膜外大环结构域中。结论引.11SP2基因高度变异,大多数突变存在膜外大环区,共鉴定了20个Sj—TSP'2等位基因。
关 键 词:日本血吸虫 Sj-TSP2 等位基因 多态性
分 类 号:R383.24]
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