文献类型：期刊文章

作　　者：金毅[1] 王悦[1] 卞富永[1] 史强[2] 葛茂发[2] 王树[3] 张兴康[2] 徐四川[1,2]

机构地区：[1]云南大学化学科学与工程学院,自然资源药物化学教育部重点实验室,昆明650091 [2]中国科学院化学研究所,北京分子科学国家实验室,分子动态与稳态结构国家重点实验室,北京100190 [3]中国科学院化学研究所有机固体重点实验室,北京100190

出　　处：《物理化学学报》

基　　金：中国科学院百人计划,云南省人才基金(2006PY01-29);国家自然科学基金(21163024)资助项目~~

年　　份：2011

卷　　号：27

期　　号：10

起止页码：2432-2446

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2008、CAS、CSCD、CSCD2011_2012、EBSCO、IC、INSPEC、JST、PUBMED、RCCSE、RSC、SCI(收录号：WOS:000295380300028)、SCI-EXPANDED(收录号：WOS:000295380300028)、SCIE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：基于牛视紫红质模板蛋白,同源模建多巴胺第三受体(D_3R)蛋白三维结构,在1-棕榈酰-2-油酰-卵磷脂(POPC)膜-水模型环境,开展300 ns分子动力学模拟提炼优化其结构,取得稳定的D_3R蛋白三维结构(2B08-D_3R).在该蛋白基础上,采用MP2/6-31G(d,p)方法,计算多巴胺(Dop)与氨基酸残基相互作用的结合能,确定五个残基(Asp117、Ser208、His272、Phe269和Thr276)为活性位点.五个活性位点残基分别位于D_3R蛋白跨膜螺旋区TM3、TM5和TM6,组成活性空腔结构.多巴胺分子以其苯基平面与TM2-TM7包围的圆柱体空腔平行和非共价键结合方式保留在D_3R蛋白中,与D_3R蛋白结合能E_b为-97.8 kJ·mol^(-1)基于3PBL D_3R突变体晶体结构,构建了另外一个含有多巴胺分子的D_3R蛋白结构(Dop-3PBL-D_3R),确定在该蛋白结构中,多巴胺的活性位点氨基酸是Asp83、His272、Phe269、Phe268和Trp265.在该蛋白结构中,多巴胺分子同样以其苯基平面与TM2-TM7包围的圆柱体空腔平行和非共价键方式结合,与该蛋白相互作用的结合能是-80.5 kJ·mol^(-1).

关 键 词：从头计算  D_3R  3PBL  活性位点 分子动力学模拟 同源模建

分 类 号：R363]