期刊文章详细信息
SCoT结合克隆测序鉴别湖南甜橙变异类型
Identification of Genetic Variation of Sweet Orange Clones from Hunan by Using SCoT Markers and Sequence Analysis
文献类型:期刊文章
机构地区:[1]湖南农业大学园艺园林学院,长沙410128 [2]国家柑橘改良中心长沙分中心,长沙410128 [3]湖南省作物种质创新与资源利用重点实验室,长沙410128 [4]湖南永兴县农业局,湖南永兴423300
基 金:国家科技支撑计划"优质甜橙新品种选育"(2006BAD01A1702)
年 份:2011
卷 号:27
期 号:6
起止页码:148-154
语 种:中文
收录情况:BDHX、BDHX2008、CSCD、CSCD_E2011_2012、RCCSE、ZGKJHX、核心刊
摘 要:本试验对SCoT反应体系进行优化,并筛选合适的引物,然后对24份试材进行SCoT标记,获得的目的片段克隆测序,通过测序结果探讨其遗传变异;结果表明,甜橙SCoT标记的20μL优化反应体系为:DNA模板80ng,Mg2+浓度1.6mmol/L,dNTPs浓度0.3mmol/L,引物浓度0.2μmol/L,Taq DNA聚合酶用量1.6U,扩增产物在100~2000bp之间,扩增条带明亮清晰,反应体系具有良好的稳定性和可重复性。24份试材的测序片段的大小为1090~1091bp,一致性达到99.84%,存在单碱基的缺失与替换,BLAST结果显示,该序列的编码蛋白质与核糖体蛋白S3的N端同源性高;利用单碱基变异可以区分其中的12个甜橙变异株系和'安江香柚',其他变异株系还需要结合其他的分子标记技术来进行鉴别,有待进一步研究。
关 键 词:甜橙 SCoT 均匀设计 序列比对
分 类 号:S6]
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引证文献:
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