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广东人群PP2A-Aα亚基基因5′-侧翼区单体型分析
Genetic variants of haplotypes in the 5′-flanking region of protein phosphatase 2A-Aα gene in Cantonese,China
文献类型:期刊文章
机构地区:[1]中山大学公共卫生学院广东省营养膳食与健康重点实验室,广东广州510080 [2]中山大学附属第一医院
基 金:国家自然科学基金项目(No.30771832;81072334);教育部科学技术研究重点项目(No.109126);教育部博士点基金项目(No.20090171110052)
年 份:2011
卷 号:12
期 号:3
起止页码:219-222
语 种:中文
收录情况:CAB、CAS、CSA、IC、JST、RCCSE、ZGKJHX、普通刊
摘 要:目的探讨蛋白磷酸酶2A(PP2A)-Aα亚基基因启动子区多态性的人群单体型分布特征。方法采用Haploview软件分析部分广东汉族人群PPP2R1A基因5′-侧翼区筛查到的7个多态性位点的遗传学特征、连锁不平衡(LD)、标签(tag)SNP和单体型(域)分布。结果各多态性位点基因型频率均符合H-W平衡(P>0.05);各位点在该人群的杂合度(π)不同,且在-568G>A和+87T>C与HapMap中的不同人群存在明显差异(P<0.05);-1039G>T(+Ins)与+87T>C和+108A>G、-568G>A与-241-/G位点之间呈强LD,+87T>C与+108A>G之间为完全LD;构建该人群中的5种单体型(H1~H5),频率分布为野生单体型(H1)53%、其余4种变异单体型(H2~H5)为44%;得到两个单体型域,筛选出-1039G>T(+Ins)、-512G>A、-241-/G、+107-/C为4个tag SNP,并确定了2个单体型域内标签SNPs(htSNP)及其分别代表的单体型。结论首次确定并报道中国广东汉族健康人群PPP2R1A基因5′-侧翼区的标签SNP和单体型(域)分布。
关 键 词:蛋白磷酸酶2A(PP2A) Aα亚基 PPP2R1A基因 5′-侧翼区 多态性单体型
分 类 号:R394.3]
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