文献类型：期刊文章

作　　者：林元震[1,2] 陈晓阳[1,2] 郭海[3] 刘纯鑫[1,2] 黄少伟[1,2]

机构地区：[1]华南农业大学林学院,广州510642 [2]华南农业大学热带亚热带林业生物技术实验室,广州510642 [3]水利部水土保持植物中心,北京100038

出　　处：《生物信息学》

基　　金：国家自然科学基金(30771759);国家十一五科技支撑计划专题(2006BAD07A04)

年　　份：2010

卷　　号：8

期　　号：3

起止页码：233-236

语　　种：中文

收录情况：ZGKJHX、普通刊

摘　　要：以火炬松热胁迫cDNA文库的EST序列为材料,对EST序列进行聚类、拼接等处理后,再进行Blast同源比对以及基因GO注释分析。研究结果如下:从Forest TreeDB数据库中下载了火炬松热胁迫cDNA文库的所有EST序列,共4 283条。EST序列经CAP3拼接后,获得2 062个UniGene,其中934个Contig,1 128个Singletons。对UniGene进行同源检索,按照GO的分子功能、生物过程和细胞组分三个不同分类角度分类,被赋予功能的基因数累计达4 661个,但365个(17.7%)的序列与核酸和蛋白数据库无序列同源性,即17.7%为新发现的基因。经对所有具有功能的基因研究发现,受外界胁迫表达的抗逆相关基因含量较高。上述研究结果对于研究火炬松热胁迫基因表达特征与抗逆分子机制具有一定的借鉴价值,以及开发火炬松新分子标记与开展分子辅助育种具有一定的指导意义。

关 键 词：火炬松 EST 热胁迫 表达谱

分 类 号：Q756]