文献类型：期刊文章

作　　者：郭莉萍[1,2] 徐容[1] 任丽[1] 何晓丽[1] 姚敏[1] 贺华兰[1] 谢洪平[1]

机构地区：[1]苏州大学医学部,苏州215123 [2]重庆科技学院化学化工学院,重庆401331

出　　处：《理化检验（化学分册）》

基　　金：国家大学生创新性实验计划项目资助(SG315865)

年　　份：2010

卷　　号：46

期　　号：7

起止页码：728-731

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2008、CAS、CSCD、CSCD_E2011_2012、RSC、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：利用近红外光谱(NIRS)结合支持向量机(SVM)模式识别原理建立了微卫星(短串联重复序列,STR)的分型方法。以D16S539基因座的10-10、10-11和11-11 3种不同基因型为例,研究了包含该多态性位点的脱氧核糖核酸(DNA)片段的聚合酶链反应(PCR)扩增条件和NIRS检测条件,建立了标准化扩增条件和检测条件,以此条件获得了基因分型的标准物及其标准NIRS。以标准光谱为识别变量,建立该3类基因型的SVM判别模型,有效地克服了光谱共线性,并对少样本数表现出良好的稳定性,模型预测率100%。该方法不需任何检测前处理,而只需一步PCR扩增和NIRS检测即可实现STR分型,具有简单、快速、低成本等优点。

关 键 词：近红外光谱 支持向量机 短串联重复序列 基因型

分 类 号：O657.33]