文献类型：期刊文章

作　　者：华蔚颖[1] 徐昭[2] 张梦晖[1] 李旻[1] 张晨虹[1] 赵立平[1]

机构地区：[1]上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态与生态基因组学实验室,上海200240 [2]复旦大学理论生命研究中心,上海200433

出　　处：《中国微生态学杂志》

基　　金：863专题项目(2008AA02Z315);自然基金项目(30730005;20875061);上海市科委国际合作项目(075407001)

年　　份：2010

卷　　号：22

期　　号：4

起止页码：312-316

语　　种：中文

收录情况：AJ、CAB、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD_E2011_2012、IC、JST、PROQUEST、ZGKJHX、普通刊

摘　　要：目的探究将基于短串频度的CVTree方法用于反映菌群结构的16S rRNA基因的454高通量测序数据分析的可行性,为快速分析高通量菌群结构数据提供新的方法。方法对一个四世同堂的中国家庭7名成员肠道菌群和不同基因型及饮食类型的小鼠肠道菌群用454高通量方法获得16S rRNA基因的V3区的测序数据,用CVTree的方法进行菌群结构的比较分析。结果通过选取合适的短串长度,CVTree的方法能准确检测到各样本间的聚类关系,其结果与之前文献报道的基于Unifrac算法的结果相一致。结论CVTree能快速、有效地处理16S rRNA基因的454高通量测序数据,实现对不同菌群结构相似性的比较分析。

关 键 词：CVTree  454高通量测序  菌群结构

分 类 号：Q-31[生物科学类]