文献类型：期刊文章

作　　者：林元震[1,2] 郭海[3] 黄少伟[1,2] 刘纯鑫[1,2] 刘天颐[1,2] 陈晓阳[1,2]

机构地区：[1]华南农业大学林学院,广州510642 [2]华南农业大学热带亚热带林业生物技术实验室,广州510642 [3]水利部水土保持植物中心,北京100038

出　　处：《生物信息学》

基　　金：广东省自然科学基金重点项目(7118123)

年　　份：2010

卷　　号：8

期　　号：1

起止页码：43-46

语　　种：中文

收录情况：ZGKJHX、普通刊

摘　　要：利用来自Forest TreeDB数据库中热胁迫cDNA文库ESTs聚类、拼接组装的Unigene以及基因GO注释,得到了假定的火炬松DREB1基因,全长1 293bp,具有完整的蛋白编码框的cDNA序列。采用DNAMAN软件分析碱基组成、限制酶切位点和重复序列等,结果发现,该序列与其他物种中克隆得到的DREB1具有较高的同源性,初步断定所电子克隆得到的cDNA序列为火炬松DREB1基因(PteaDREB1)。在此基础上,利用网上的公共数据库和相关软件(Antheprot等)对PteaDREB1编码的理化性质和一级结构进行分析,并模拟了其二级结构和三级结构。结果表明,该蛋白为疏水性非球形可溶蛋白,含有295个氨基酸,分子量为32.4kD,等电点为8.22;其二级结构以螺旋和卷曲为主,三级结构具有DREB蛋白家族中典型的结合DNA的AP2结构域。这进一步说明所克隆到的cDNA片断为火炬松DREB1基因。上述研究结果可为PteaDREB1基因下一步的分子克隆、功能鉴定和应用奠定基础,具有一定的现实意义和应用前景。

关 键 词：火炬松 DREB1基因  电子克隆 生物信息学 蛋白结构预测

分 类 号：TQ517]