文献类型：期刊文章

作　　者：吴家胜[1] 赵彦宏[2] 汪旭升[3]

机构地区：[1]浙江林学院林业与生物技术学院,浙江临安311300 [2]鲁东大学生命科学学院,山东烟台264025 [3]浙江大学生物信息研究所,浙江杭州310029

出　　处：《华南农业大学学报》

基　　金：国家自然科学基金(30671704;30800682)

年　　份：2009

卷　　号：30

期　　号：4

起止页码：43-47

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2008、CAB、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2011_2012、IC、JST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、ZR、核心刊

摘　　要：运用隐马尔柯夫模型（Hidden Markov model,HMM）,对粳稻Oryza sativaL.ssp.japonica的蛋白质数据库进行搜索,共找到192个MYB蛋白同源序列,其中有126个R2R3-MYB蛋白,6个R1R2R3-MYB蛋白以及60个MYB相关蛋白（MYB-related protein）.进一步分析所有粳稻的MYB蛋白基因在染色体上的分布,结果发现,MYB基因基本上是成簇分布的,在染色体1-8号特别明显.运用基于EM（Expectation maximization）算法的MEME程序,对MYB蛋白的功能域进行多序列比对分析,确定了R1、R2与R3结构域在每个位置上最大可能氨基酸的频率.此外,还对水稻中的MYB蛋白家族作了初步的进化分析.

关 键 词：粳稻 MYB蛋白  基因家族 功能域 进化分析

分 类 号：S881.2] Q811.4]