文献类型：期刊文章

作　　者：刘公秉[1] 季孔庶[1]

机构地区：[1]南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,南京210037

出　　处：《分子植物育种》

基　　金：十一五国家科技支撑项目(2006BAD01A1403)资助

年　　份：2009

卷　　号：7

期　　号：4

起止页码：833-838

语　　种：中文

收录情况：CAB、CAS、CSCD、CSCD_E2011_2012、JST、RCCSE、ZGKJHX、普通刊

摘　　要：本文用生物信息学方法对松树359521条EST进行处理,得到无冗余EST序列56776条,其中有2315个SSR分布于2057条EST中,出现频率是4.08%,平均距离是22.06kb。检测到二、三碱基重复SSR总数为1631个,四碱基至六碱基重复SSR共117个。在所得二碱基以上重复SSR中,多态潜能高的有488个,占27.92%;多态潜能次高的有1260个,占72.08%。选择整体长度不小于24个碱基的SSR位点用于开发马尾松SSR引物,设计出135对备选引物,最终有51对引物在马尾松中得到扩增,有效扩增率为37.78%;其中39对有多态性,多态率为28.89%。在51对可扩增引物所对应的SSR类型中,P型占74.51%,I型占3.92%,C型占21.57%。

关 键 词：松树 马尾松 EST  SSR 引物设计

分 类 号：S791.248]