期刊文章详细信息
基于流形学习的基因表达谱数据可视化
The Visualization of Gene Expression Profile Based on Manifold Learning
文献类型：期刊文章
机构地区：[1]云南大学物理系非线性复杂系统中心,昆明650091 [2]云南大学现代生物学研究中心,昆明650091
年 份：2009
卷 号：7
期 号：1
起止页码：47-51
语 种：中文
收录情况：ZGKJHX、普通刊
摘 要：基因表达谱的可视化本质上是高维数据的降维问题。采用流形学习算法来解决基因表达谱的降维数据可视化,讨论了典型的流形学习算法(Isomap和LLE)在表达谱降维中的适用性。通过类内/类间距离定量评价数据降维的效果,对两个典型基因芯片数据集(结肠癌基因表达谱数据集和急性白血病基因表达谱数据集)进行降维分析,发现两个数据集的本征维数都低于3,因而可以用流形学习方法在低维投影空间中进行可视化。与传统的降维方法(如PCA和MDS)的投影结果作比较,显示Isomap流形学习方法有更好的可视化效果。
关 键 词：基因芯片 流形学习 数据降维可视化
分 类 号：TP181]
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