期刊文章详细信息
拟南芥和水稻SET结构域基因家族全基因组鉴定、分类和表达
Genome-wide identification,classification and expression analyses of SET domain gene family in Arabidopsis and rice
文献类型:期刊文章
机构地区:[1]上海大学数学系,上海200444 [2]浙江工业职业技术学院数学系,绍兴312000 [3]上海大学生命科学学院,上海200444
基 金:国家高技术研究发展计划(863计划)项目(编号:2006AA02Z190);上海市重点学科建设项目(编号:J50101)资助
年 份:2009
卷 号:31
期 号:2
起止页码:186-198
语 种:中文
收录情况:BDHX、BDHX2008、BIOSISPREVIEWS、CAB、CAS、CSCD、CSCD2011_2012、EMBASE、IC、JST、PUBMED、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊
摘 要:SET(Su(var),Enhancer of zeste(E(z)),and Trithorax)结构域基因家族是一组含有保守SET结构域的蛋白的统称,它们参与蛋白甲基化,影响染色体结构,并且调控基因表达,在植物发育中起着重要的作用。分析拟南芥和水稻中SET结构域基因家族进化关系,对研究这一基因家族中各成员的功能有着重要的意义。我们系统地鉴定了47个拟南芥(Arabidopsis thaliana)和43个水稻(Orysa sativa japonica cultivar Nipponbare)的SET结构域基因,染色体定位和基因复制分析表明SET结构域基因扩增是由片段复制和反转录引起的,根据这些结构域差异和系统发育分析把拟南芥和水稻的SET结构域基因划分成5个亚家族。通过分析SET结构域基因家族在拟南芥和水稻各个发育阶段的表达谱,发现SET结构域基因绝大部分至少在一个组织中表达;大部分在花和花粉中高表达;一些SET结构域基因在某些组织中有特异的表达模式,表明与组织发育有密切的关系。在拟南芥和水稻中分别找到了4个差异表达基因。拟南芥4个差异基因都在花粉管高表达,水稻4个差异基因有3个在雄性花蕊中高表达,另一个在幼穗中高表达。
关 键 词:拟南芥 水稻 SET结构域基因 进化分析
分 类 号:Q943[植物生产类]
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引证文献:
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