期刊文章详细信息
香蕉EST-SSRs标记的开发与应用
Development and application of EST-derived SSR markers for bananas (Musa nana Lour.)
文献类型:期刊文章
机构地区:[1]中国热带农业科学院热带作物生物技术研究所,海口571101 [2]中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所,儋州571737 [3]海南大学农学院,热带园艺植物资源与遗传改良教育部重点实验室,海口570228
基 金:国家自然科学基金(编号:30460070);海南省自然科学基金(编号:80436);科技部科技基础条件平台(编号:2005DKA21000-5-001);农业部南亚热作专项(2007)资助~~
年 份:2008
卷 号:30
期 号:7
起止页码:933-940
语 种:中文
收录情况:BDHX、BDHX2004、BIOSISPREVIEWS、CAB、CAS、CSCD、CSCD2011_2012、JST、PUBMED、SCOPUS、ZGKJHX、核心刊
摘 要:从NCBI搜索的2282条香蕉EST中,发掘出含有SSR的EST序列110条,共有122个SSR位点,检出率为5.3%。SSR位点可分为37种重复单元,平均长度为20bp,其中二、三核苷酸重复单元的SSR占主导地位,分别占总SSR的33.1%和47.6%。GA和GAA是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复类型的75.7%和36.0%;其他重复类型所占比例均不足10%,而四核苷酸重复类型最少,为4.0%。设计的63对EST-SSRs引物中,有41对EST-SSRs引物对巴西蕉基因组DNA能扩增出产物,占总引物数的65.1%。应用进一步筛选出的重复性好、多态性高的19对引物对49个香蕉品种(系)进行PCR扩增。每对51物扩增的多态性带数目为4~12个,平均7.58个;引物多态信息量变化范围为0.3572.0.8744,平均0.7324。在相似系数为0.63的水平可将49个品种聚为2个类群:一类为含B基因组香蕉品种;另一类为不合B基因组的香蕉品种,表明EST-SSR引物可以应用于香蕉品种资源分类的研究。
关 键 词:香蕉 EST EST-SSR 遗传多样性 聚类分析
分 类 号:S668.1]
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