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白桦EST-SSR信息分析与标记的开发 ( EI收录)
Data Mining for SSRs in ESTs and EST-SSR Marker Development in Betula platyphylla
文献类型:期刊文章
机构地区:[1]东北林业大学林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室,哈尔滨150040
基 金:国家863课题(2002AA241080);国家自然科学基金项目(30571513);东北林业大学校基金课题
年 份:2008
卷 号:44
期 号:2
起止页码:78-84
语 种:中文
收录情况:AJ、BDHX、BDHX2004、CAB、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2011_2012、EI、IC、JST、PROQUEST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、ZR、核心刊
摘 要:对NCBI(美国国立生物技术信息中心)中2548条欧洲白桦ESTs的序列进行分析,结果表明:其中260条ESTs中含有306个SSRs,为全部ESTs序列的10.2%,SSR频率为12.01%。其中,二核苷酸重复比例为81.37%,三核苷酸重复比例为16.67%,四核苷酸重复比例为1.96%。不同软件设计引物的效率不同,Primer3设计出176对SSR引物,在白桦中扩增成功的引物比例为59.09%,而具有多态性的引物比例仅为25.96%;SSR Primer设计出100对引物,在白桦中扩增成功的引物比例为37%,而具有多态性的引物比例为48.65%。
关 键 词:欧洲白桦 白桦 EST SSR 标记
分 类 号:S718.46[林学类]
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