文献类型：期刊文章

作　　者：程洁[1] 张玲玲[1] 黄晓婷[1] 张灿[1] 王师[1] 胡景杰[1] 包振民[1]

机构地区：[1]中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与种质工程实验室。山东青岛266003

出　　处：《中国海洋大学学报（自然科学版）》

基　　金：国家高技术研究发展规划项目(2006AA10A408,20060110A4013);高等学校博士学科点专项科研基金(20060423015);教育部留学回国人员科学启动基金资助

年　　份：2008

卷　　号：38

期　　号：1

起止页码：78-88

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2004、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2011_2012、JST、PROQUEST、RCCSE、WOS、ZGKJHX、ZMATH、ZR、核心刊

摘　　要：研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍。栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间。由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究。2 016个克隆进行双末端测序,获得3 646条序列。序列总长2 286 986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰。共得到2 500条串连重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1 816条,卫星序列313条。共得到317条散布重复序列,总长97 412 bp,占测序总长的4.26%。查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA转座子、LTR反转座子、LINE反转座子和滚环转座子,其中LINE反转座子的数目最多。BLAST比对共有1 383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E<e-5),占测序总数的37.93%。BLASTN比对有明显相似性的1 036条序列中,与nr数据库序列相似的有113条,与EST数据库序列相似的有923条。BLASTX比对有明显相似性的序列有347条,占序列总数的9.52%。

关 键 词：栉孔扇贝 CHLAMYS FARRERI fosmid文库构建  序列分析  

分 类 号：S917[水产类] Q78]