文献类型：期刊文章

作　　者：余东亮[1,2] 汪旭升[3] 徐飞[3] 傅衍[1,2]

机构地区：[1]浙江大学沃森基因组科学研究院 [2]浙江大学动物科学学院,杭州310029 [3]浙江大学农业与生物技术学院生物信息学研究所

出　　处：《中国农业科学》

基　　金：国家重点基础研究发展计划"973"项目(2004CB117500)

年　　份：2007

卷　　号：40

期　　号：1

起止页码：196-203

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2004、CAB、CAS、CSCD、CSCD2011_2012、FSTA、GEOBASE、IC、JST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、ZR、核心刊

摘　　要：【目的】探索生物信息方法在家蚕基因组snoRNA预测中的应用,了解snoRNA在家蚕基因组的分布和结构特征。【方法】利用已有和自行设计的生物信息工具对家蚕基因组中BoxC/DsnoRNA进行预测和手工校正。【结果】获到家蚕基因组中的70个snoRNA和56个推测的甲基化位点。结构分析发现D′box和末端茎环结构的不保守性;分析snoRNA在基因组上的分布,未发现普遍的成簇分布的现象,且内含子和基因间隔区的snoRNA数目接近;预测得到的家蚕BoxC/DsnoRNA与已报道果蝇BoxC/DsnoRNA进行相似性分析,表明两个物种的BoxC/DsnoRNAs在一级结构上存在较大的差异。【结论】基于结构特征预测的方法有利于逐步揭示家蚕基因组中存在的snoRNA信息;但与家蚕同源关系较近的物种,其snoRNA在序列上可能有较大变化,故可能不适合以序列同源来对其进行预测。

关 键 词：家蚕(Bombyx  mori)  BOX C/D  SNORNA 甲基化 计算机预测  非编码RNA

分 类 号：S881.2]