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广西HIV-1 CRF01-AE重组毒株env基因V3环序列变异及其与生物表型的关系
The potential relationship between variation of V3 loop in CRP01-AE strains of HIV type 1 from Guangxi and virus biological phenotype
文献类型:期刊文章
机构地区:[1]广西医科大学艾滋病研究中心,南宁523808广东医学院530021 [2]中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防与控制中心病毒免疫室 [3]广西横县卫生防疫站
基 金:广西自然科学基金项目(桂科字0447049)
年 份:2006
卷 号:26
期 号:12
起止页码:1092-1095
语 种:中文
收录情况:BDHX、BDHX2004、BIOSISPREVIEWS、CAS、CSCD、CSCD2011_2012、EMBASE、IC、JST、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊
摘 要:目的研究广西HIV-1 CRF01-AE重组毒株env基因V3环序列变异及其与生物表型间的关系。方法从广西主要流行区收集来的50份HIV-1感染者血液样本中提取前病毒DNA,使用巢式聚合酶链反应(nested-PCR)扩增HIV-1 env基因片段并进行亚型鉴定,选择38份CRF01-AE重组型HIV-1毒株env基因V3环及邻近区域的序列进行系统树和氨基酸变异分析。结果38份CRF01- AE重组毒株中36份与分离于广西地区的CRF01-AE.97CNGX2f和泰国代表毒株THCM240接近,另外2份与中非共和国代表株90CF402聚成一簇;CRF01-AE重组毒株V3环顶端四肽存在着4种类型: GPGQ、GPGR、GPGH和GPGA;根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况,结果显示:71.05%的CRF01-AE重组毒株可能使用CCR5作为辅助受体,28.95%不能对其辅助受体的使用情况做出预测。结论广西HIV-1 CRF01-AE重组毒株V3顶端四肽变异较大,而且大部分毒株可能为NSI型,这可为广西该毒株的防治和诊断试剂的更新提供参考。
关 键 词:人类免疫缺陷病毒1型 变异 生物表型
分 类 号:R373]
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