文献类型：期刊文章

作　　者：商磊[1] 齐艳[2] 包其郁[2] 田薇[1] 徐建成[1] 冯明光[3] 杨焕明[1]

机构地区：[1]浙江大学沃森基因组科学研究院,杭州310008 [2]温州医学院生物医学信息研究所,温州325000 [3]浙江大学微生物研究所,杭州310029

出　　处：《Acta Genetica Sinica》

基　　金：This work was supported by the Science Foundation of Wenzhou City(No. Y2003A005) and Zhejiang University ( No. 181130-544301).

年　　份：2006

卷　　号：33

期　　号：4

起止页码：354-364

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2004、BIOSISPREVIEWS、CAB、CAS、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2011_2012、EBSCO、EMBASE、IC、JST、PUBMED、SCIE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、ZR、核心刊

摘　　要：对SARS病人粪便样本直接测序,得到SRAS-CoV BJ202 全基因组序列(AY864806)。应用比较基因组研究方法对GenBank 中公布的 115 株 SARS-CoV 基因组序列以及 BJ202 进行分析。以 GZ02 序列为参照,发现 2 个以上基因组中同时存在单核苷酸多态(SNP)位点共278个。多态位点在SARS-CoV基因组中呈偏态分布,大约一半突变位点(50.4%, 140/278)发生在基因组3′末端1/3区域。编码Orf10-11、Orf3/4、E蛋白、M蛋白和S蛋白区域突变率较高。克隆并测序含有BJ202基因组12个多态位点的11个cDNA以及4个不含已知多态位点的cDNA片段(15个片段总长度为6.0 kb),结果显示:BJ202 特有的 3 个多态位点(13 804、15 031 和 20 792)以及另外 3 个多态位点(26 428、26 477 和 27 243)均检出两种不同核苷酸;位点18 379虽在已公布的115株SARS-CoV基因组中未发现突变,实际上也是多态位点。14个克隆中有8个克隆该位点为A,6个克隆为G。全部116个SARS-CoV基因组中共有18种缺失类型和2种插入类型。大部分缺失发生在编码ORF9和ORF10-11区域(基因组序列27 700-28 000 bp处)。以邻位连接法(Neighbor-Joining)构建了116株SARS-CoV系统发育树,BJ202 与BJ01和LLJ-2004等SARS-CoV的亲缘关系较接近。

关 键 词：SARS相关冠状病毒 基因组 多态性

分 类 号：R373]