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茶树EST-SSR的信息分析与标记建立
Data Mining for SSRs in ESTs and Development of EST-SSR Marker in Tea Plant (Camellia sinensis)
文献类型:期刊文章
机构地区:[1]浙江大学原子核农业科学研究所,浙江杭州310029 [2]杭州市农业科学院,浙江杭州310024
年 份:2006
卷 号:26
期 号:1
起止页码:17-23
语 种:中文
收录情况:BDHX、BDHX2004、CAB、CAS、CSCD、CSCD_E2011_2012、FSTA、JST、RCCSE、RSC、ZGKJHX、核心刊
摘 要:在1589条茶树EST中,共发掘出了281个EST-SSR,分布于246条EST中,出现频率是17.68%,平均长度为33.06bp,平均分布频率是1/2.61kb。在茶树EST-SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复。设计了19对SSR引物,在对引物、dNTP、MgCl2的浓度及退火温度等参数进行测试后,建立了合适的PCR反应体系。以衍生绝大多数EST-SSR的龙井43DNA为模板,对引物进行了筛选,有16对引物显示扩增,可用率为84.2%;进一步在10个茶树品种中进行多态性测试,显现出多态性的引物占可扩增引物的62.5%。本文研究结果证明了根据茶树EST建立SSR标记是有效、可行的。
关 键 词:茶树 EST SSR信息 标记建立
分 类 号:S571.1] Q523]
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