文献类型：期刊文章

作　　者：孙奕钢[1] 高雷[2] 张忠华[3] 薛庆中[3]

机构地区：[1]浙江大学理学院数学系,杭州310027 [2]中国科学院理论物理研究所 [3]浙江大学沃森基因组科学研究院

出　　处：《遗传》

基　　金：国家自然科学基金(编号:39870421);浙江省重点科研项目(编号:2003C22007)~~

年　　份：2005

卷　　号：27

期　　号：4

起止页码：629-635

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2004、BIOSISPREVIEWS、CAB、CAS、CSCD、CSCD2011_2012、EMBASE、IC、JST、PUBMED、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：在分析DNA序列复杂度、预测基因编码区和非编码的DNA边界识别等问题中,以熵为基础构造的离散量度量提供了一种强有力的工具。为改进寻找水稻基因编码与非编码区边界的效率,提出了两个新的离散量度量(αKL离散量与αJensenShannon离散量),根据密码子的GC含量对氨基酸对应密码子构建了粗粒化向量。比较了融合JensenShannon离散量、JensenRenyi离散量、αKL离散量和αJensenShannon离散量等不同向量所获得的精度,结果表明,在对水稻基因编码区‘终止子’的识别效率上,构建的密码子粗粒化向量融合新引进的度量方法比Bernaola等人的方法(2000)提高了4～5倍。

关 键 词：Jensen-Shannon离散量  Jensen-Renyi离散量  α-KL离散量  α-Jensen-Shannon离散量  GO含量  编码与非  编码区 水稻

分 类 号：S511]