文献类型：期刊文章

作　　者：陈仲中[1] 汪旭升[1] 朱军[1]

机构地区：[1]浙江大学生物信息学研究所,浙江杭州310029

出　　处：《中国水稻科学》

年　　份：2005

卷　　号：19

期　　号：4

起止页码：303-307

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2004、BIOSISPREVIEWS、CAB、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2011_2012、IC、JST、PROQUEST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：根据Monsanto公司所发布的6655个序列[由简单重复序列(SSR)及其两翼各100个碱基组成],通过生物信息学的方法,找到了在籼稻(Oryzasativasubsp.indica)品种93-11与粳稻(Oryzasativasubsp.japonica)品种日本晴的基因组序列中匹配最好的1453个同源位点。在这些位点中,93-11和日本晴中分别搜索到了1449个和1451个SSR。通过对SSR的分类比较,发现在93-11和日本晴的相同位点存在1175个具有相同基序的SSR,其中371个具有相同的基序和重复个数,804个具有相同的基序但重复次数有差异。具有相同基序但重复次数有差异的SSR类型中,频率最高的是2个核苷酸的重复子,占62.94%,基序为5个和6个核苷酸的SSR则较少。对水稻这两个品种相应区域SSR的多态性比较分析,揭示了用这些特定类型的SSR可以在这两个品种的特定区域发展新的SSR标记,并为研究这两个品种之间遗传变异、基因组功能之间的差异等提供依据。

关 键 词：简单重复序列 水稻 多态性

分 类 号：S511]