文献类型：期刊文章

作　　者：汪旭升[1] 吴为人[1,2] 金谷雷[3] 朱军[1]

机构地区：[1]浙江大学农业与生物技术学院生物信息学研究所 [2]福建农林大学作物科学学院,福州350002 [3]福建农林大学作物科学学院

出　　处：《科学通报》

基　　金：国家高技术研究发展计划(批准号:2003AA207160,2002AA234031);福建省自然科学基金(批准号:B9910011)资助项目

年　　份：2005

卷　　号：50

期　　号：11

起止页码：1085-1089

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2004、CAS、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2011_2012、EI、IC、JST、MR、RCCSE、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：用45个已知功能的植物抗病(R)基因序列对粳稻全基因组序列进行搜索, 共找出2119个R基因同源序列或类似物(RGA), 表明RGA在水稻基因组中成簇存在, 呈非随机分布. 采用隐马尔柯夫模型(HMM), 将这些RGA按其功能域分成了21类. 将粳稻的RGA与籼稻的基因组序列进行比较, 共找到702个两亚种间等位的RGA, 并发现其中有671个(占95.6%)RGA的基因组序列(包括编码区和非编码区)在两亚种间存在长度差异(InDel), 表明水稻RGA在两亚种间存在很高的多态性. 通过在InDel两侧设计引物并进行e-PCR验证, 共开发出402个基于PCR的、表现为共显性的候选RGA标记. 这些候选标记在两亚种间的长度差异在1～742 bp之间, 平均为10.26 bp. 有关数据均可从我们的网站(http://ibi.zju.edu.cn/RGAs/index.html)上获得.

关 键 词：RGA 标记  基因鉴定 开发  隐马尔柯夫模型 全基因组序列  水稻基因组  非随机分布  index  亚种间 植物抗病  同源序列  非编码区  行搜索  序列对  类似物  R基因  功能域  多态性  PCR  共显性 粳稻  长度  行比  籼稻  

分 类 号：S511]