文献类型：期刊文章

作　　者：张晓峰[1,2] 薛庆中[1,2]

机构地区：[1]浙江大学农业与生物技术学院农学系 [2]浙江大学沃森基因组科学研究院,浙江杭州310008

出　　处：《作物学报》

基　　金：国家自然科学基金 (3 9870 42 1);浙江重点课题 (2 0 0 3C2 2 0 0 7);浙江省 0 4 0 6水稻品种改良攻关项目资助

年　　份：2005

卷　　号：31

期　　号：5

起止页码：596-602

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2004、CAB、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2011_2012、EBSCO、FSTA、IC、JST、RCCSE、SCOPUS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：应用软件CodonW ,对全基因组进行分析,鉴定出水稻和拟南芥NBS -LRR基因家族的最优密码子分别为2 5和16种。NBS- LRR基因家族与其全基因组的最优密码子一致,但两个物种间彼此完全不一致,密码子使用上发生偏向的程度也不尽相同,说明NBS- LRR基因家族的密码子使用偏好受物种自身的影响很大。同时,同一物种内基因家族对密码子的使用也存在一定变异性。水稻以G或C结尾的密码子发生强烈偏向使用,而拟南芥中则是以A或T结尾的密码子。密码子中位于第一、三位的G +C含量明显高于第二位的G +C的含量。最适密码子使用频率Fop (frequencyofoptimumcodons )与基因的G +C含量、第三位密码子的G +C百分含量GC3S以及物种特定的密码子适合性因子CAI均极显著相关。

关 键 词：水稻 拟南芥 NBS-LRR基因  密码子用法

分 类 号：S511]