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新型三维氨基酸结构描述符的研究及其在多肽QSAR中的应用
New 3D amino acid structure descriptors and its application to the polypeptide QSAR
文献类型:期刊文章
机构地区:[1]北京药物化学研究所,北京102205
年 份:2005
卷 号:40
期 号:4
起止页码:340-346
语 种:中文
收录情况:AJ、BDHX、BDHX2004、BIOSISPREVIEWS、CAB、CAS、CSCD、CSCD2011_2012、DOAJ、EMBASE、IC、IPA、JST、PUBMED、RCCSE、RSC、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊
摘 要:目的 建立一套新型的氨基酸残基结构描述符,用此描述符进行多肽的定量构效关系研究。方法 通过理论计算得出 167个氨基酸结构描述参数,再对 167个参数进行主成分分析,从中提取出与氨基酸残基的三维结构性质密切相关的三个结构描述参数c1,c2,c3 scales。然后采用G/PLS算法,建立氨基酸残基结构描述符c scales与多肽生物活性之间的函数关系,确定多肽的QSAR模型。结果 用此方法建立的苦味二肽、ACE抑制剂二肽和缓激肽增效剂五肽的QSAR模型,均有较好的拟合和预测能力,交叉验证相关系数和相关系数都在 0 70以上。结论 氨基酸残基结构描述符c scales能定量的描述氨基酸的三维结构性质,而且利用此描述符能建立预测能力较强的多肽QSAR模型。
关 键 词:氨基酸残基结构描述符 多肽定量构效关系 主成分分析 遗传偏最小二乘算法
分 类 号:O641] R914[化学类]
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