文献类型：期刊文章

作　　者：谢卡斌[1] 张建伟[1] 向勇[1] 冯旗[2] 韩斌[2] 储昭晖[1] 王石平[1] 张启发[1] 熊立仲[1]

机构地区：[1]华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室 国家植物基因研究中心,武汉430070 [2]中国科学院国家基因研究中心,上海200233

出　　处：《中国科学（C辑）》

基　　金：国家重大科技专项"功能基因组和生物芯片"(批准号:2002AA2Z1002)项目国家自然科学基金(批准号:30321005)项目资助

年　　份：2005

卷　　号：35

期　　号：1

起止页码：6-12

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2004、CSCD、CSCD2011_2012、核心刊

摘　　要：全长cDNA对基因组学和蛋白质组学研究有着非常重要的价值.以分离籼稻基因组全长cDNA为目标,从优良的籼稻恢复系明恢63中分离到10828条非冗余的全长cDNA,其中780条是新的水稻表达序列.所得到的全长cDNA至少满足以下两个条件之一:(i)5’端序列包含粳稻日本晴的全长cDNA所预测的完整的ORF(9078条);(ii)包含同源蛋白质对应的完整N末端编码序列(6543条).在分离到的全长cDNA中,53%的序列比报道的粳稻全长cDNA有更长的5’端非翻译区(5’UTR);90.28%(9776条)的序列能定位到粳稻基因组序列上,92.78%(10046条)的序列可以定位到籼稻基因组序列上;8216条序列能与日本晴的全长cDNA序列定位到粳稻基因组序列的同一位置上,籼粳间cDNA序列的平均相似性为99.2%;90%以上的全长cDNA能进行GO (gene ontology)分类.在780条新的cDNA中,60%以上的找不到任何同源蛋白序列.

关 键 词：籼稻 全长CDNA 粳稻  同源蛋白 明恢63 籼粳 水稻  基因组序列 分离  白质  

分 类 号：S511.21]