文献类型：期刊文章

作　　者：李满堂[1] 张仕林[1] 邓鹏[1] 侯喜林[1] 王建军[1]

机构地区：[1]南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室农业部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室,南京210095

出　　处：《园艺学报》

基　　金：国家公益性行业(农业)科研专项(20090318);扬州市农业科技攻关项目(YZ2014170)

年　　份：2015

卷　　号：42

期　　号：6

起止页码：1103-1111

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2014、CAB、CAS、CSCD、CSCD2015_2016、IC、JST、RCCSE、SCOPUS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：采用生物信息学方法分析洋葱(Allium cepa L.)转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为洋葱分子标记辅助育种提供有力工具。利用MISA工具筛选了洋葱转录组测序获得的106 932条unigenes(84.04 Mb),并对其SSR位点信息进行了分析,共筛选得到5 959个SSR位点(占总unigenes的5.10%),其发生频率为1/14.1 kb。SSRs位点中主导类型是以AAG/CTT(占总SSRs的10.20%)为主的三核苷酸重复,占总SSRs的37.27%;其次是单、二核苷酸重复,其出现频率分别为30.91%和24.75%。利用Primer5共设计出5 258对SSR引物。随机选择20对引物进行PCR扩增,其中12对扩增出清晰可重复的条带,9对在24个不同类型洋葱材料中表现出多态性。利用UPGMA作图,将24个洋葱材料分为4类。

关 键 词：洋葱 转录组 SSR 引物 多态性

分 类 号：S633.2]