文献类型：专利

专利类型：发明专利

是否失效：否

是否授权：否

申 请 号：CN201811317063.4

申 请 日：20181107

发 明 人：章成君 金桂花 石勇 胡彦婷 李玲

申 请 人：中国科学院昆明植物研究所海盐工程技术中心

申请人地址：314000 浙江省嘉兴市海盐县秦山街道核电大道南侧、宣教中心西北侧

公 开 日：20220628

公 开 号：CN109686405B

代 理 人：吕彩霞

代理机构：北京国翰知识产权代理事务所(普通合伙)

语　　种：中文

摘　　要：本发明提供基于MK‑test的群体基因组潜在重要基因筛选的方法，属于基因筛选技术领域，包括：1)构建基因相互作用网络；2)采用处理模块获取和/或按需输入基因参数；3)将所述的基因参数通过规范公式运算后输出物种间和/或物种内变异率，筛选出群体基因组潜在重要基因；4)将所述的潜在重要基因进行功能性分析；其中处理模块包括至少两基因芯片，与基因芯片连接的计算机。本发明可大批量同时对物种间或物种内存在的差异性分析，运算后可以有效地分析非表达段比例和/或表达段比例随基因的变化而改变的趋势，为群体基因组潜在重要基因筛选提供一条有效的途径。

主 权 项：1.基于MK-test的群体基因组潜在重要基因筛选的方法，其特征在于：包括：1)构建基因相互作用网络；2)采用处理模块获取和/或按需输入基因参数；3)将所述的基因参数通过规范公式运算后输出物种间和/或物种内变异率，筛选出群体基因组潜在重要基因；4)将所述的潜在重要基因进行功能性分析；所述的构建基因相互作用网络的具体步骤为：从BioGRID、IntAct、DIP、MINT及STRING数据库中收集基因互作数据，并分离目标植物的互作数据，建立相应的数据库；所述的运算采用MK-test对群体基因进行运算，所述的MK-test所使用的规范公式如下：设一平稳的独立序列x_t(x₁,…,x_n)，统计变量S如下式： 式中：χj和χk分别为第j群体和第k群体的基因间差别核苷酸数，j>k，n为系列的记录长度；所述sgn(χj-χk)为表征函数： 式中：S为正态分布，其均值为0，S的方差可由下式计算： 式中：t为任意给定结点的范围；∑t是所有结点的和；当n＞10时，标准的正态统计变量z通过下式计算： 所述的处理模块包括至少两基因芯片，与基因芯片连接的计算机。

关 键 词：重要基因  基因组 物种 基因 处理模块  基因芯片 筛选  群体  差异性分析  功能性分析  有效的途径  公式运算  基因筛选 变异率  有效地  构建  运算  输出  计算机  分析  网络  

IPC专利分类号：G16B20/50