文献类型：专利

专利类型：发明专利

是否失效：否

是否授权：否

申 请 号：CN201910768671.5

申 请 日：20190820

发 明 人：夏昊强 高川 周煌凯 张羽 陶勇 罗玥 陈飞钦 曾川川

申 请 人：广州基迪奥生物科技有限公司

申请人地址：510000 广东省广州市广州国际生物岛螺旋三路6号第五层501、502单元

公 开 日：20191206

公 开 号：CN110544509A

代 理 人：颜希文;宋静娜

代理机构：44202 广州三环专利商标代理有限公司

语　　种：中文

摘　　要：本发明提供一种单细胞ATAC‑seq数据分析方法，包括以下步骤：步骤S1,对测序原始数据进行数据分析与质控；步骤S2,比对分析；步骤S3,插入片段分析；步骤S4,富集区域Peak分析；步骤S5,单细胞亚群分类；步骤S6,对Peak相关基因进行注释和富集；步骤S7,TF‑motif分析；步骤S8,亚群可及性差异分析；步骤S9,差异可及性位点相关基因分析，对鉴定出的差异TF‑motif所在peak区域最邻近的转录起始位点所对应的基因注释等步骤。本发明构建了一个全面、分析内容丰富的单细胞ATAC‑seq数据分析流程，分析结果揭示了大量的生物信息，方便人们深入挖掘蕴藏在单细胞水平内的生物学现象和特征，分析流程及结果以html的形式进行可视化展示，分析内容层次明了，结果展现形式多样，增加了报告的可读性。

主 权 项：1.一种单细胞ATAC-seq数据分析方法，其特征在于，包括以下步骤：S1.对测序原始数据进行数据分析与质控，得到高质量的数据进行后续分析；S2.比对分析，将修剪后的reads比对到参考基因组，分析确定唯一比对且MAPQ>30的reads数量，并去除比对到线粒体上的reads，将过滤后的reads用于后续分析；S3.插入片段分析，利用两端reads的比对信息可以计算出各样品的文库插入片段长度，从而绘制出插入片段分布图；S4.Peak分析，主要包括样本有效细胞信息结果统计、Peak区域片段分布统计及最终peak-barcode矩阵分析；S5.单细胞亚群分类，对数据进行LSA降维处理，然后进行k-medoids聚类，最后将转换后的矩阵利用t-SNE进行可视化；S6.对Peak相关基因进行注释和富集；S7.TF-motif分析主要包括TF-motif鉴定和TF-motif显著程度分析；S8：亚群可及性差异分析通过差异TF-motif统计，差异TF-motif聚类以及差异TF-motif在各亚群之间的分布，获得各个差异TF motif在各细胞亚群中的富集分布；S9：差异可及性位点相关基因分析，对鉴定出的差异TF-motif所在peak区域最邻近的转录起始位点所对应的基因注释。

关 键 词：分析内容  数据分析 相关基因  富集  亚群 分析  数据分析流程  转录起始位点 单细胞水平  生物学现象  比对分析  插入片段  差异分析  分析流程  基因注释 结果展现  生物信息 原始数据  可视化  测序  构建  位点 质控  可读性  邻近  挖掘  分类  展示  

IPC专利分类号：G16B30/00(20190101)