文献类型：会议

作　　者：杜方 高中山 赵祥云 王文和 吴昀 张琳 夏宜平

作者单位：山西农业大学园艺学院花卉系,太谷 030801 浙江大学农业与生物技术学院园艺系,杭州 310058 北京农学院园林学院,北京 102206

会议文献：中国球根花卉2013年会论文集

会议名称：中国球根花卉2013年会

会议日期：20130414

会议地点：上海

主办单位：中国园艺学会球根花卉分会

出版日期：20130400

语　　种：中文

摘　　要：本研究应用新一代高通量测序技术Illumina Hiseq TM 2000对百合‘索邦’的根、鳞片、茎皮、叶、花瓣、柱头六组织等量混合样进行测序,并结合Trinity软件进行无参转录组重头拼接,最终获得了49,991条表达序列标签,其平均长度为673 bp。通过与NCBI公共数据库中非冗余蛋白数据库、Swiss-Prot蛋白数据库、京东基因与基因组百科全书数据库以及直系同源蛋白数据库的联配与比较,全部表达序列标签中的39,658条表达序列标签被预测了编码区。共有约72%的表达序列标签(36,093条序列)获得了上述四个蛋白数据库的注释,找出26个与抗热性相关的脂质转移蛋白基因。为了进一步开发百合微卫星标记,研究了微卫星在转录组中的分布情况。在49,991条独立基因中共找到2,155个微卫星位点。微卫星中三核苷酸重复基元的数量最多,其次是二核苷酸重复基元,分别占全部微卫星的48%and 32%。GA/CT和GGC/CCG分别是两种重复基元中出现最多的类型。与应用454 GS FLX测序平台得到的百合4个品种叶片转录组数据相比较,两个研究获得了相似数量的表达序列标签(49,991和52,172),表达序列标签的长度也相似(673bp和555bp)。两个研究中,微卫星重复基元和重复基元的重复类型的分布情况一致。本研究结果充实了百合表达序列标签数据库,为发掘百合功能基因和开发微卫星分子标记提供了翔实的基因信息。

关 键 词：百合'  索邦'  HiseqTM  2000测序  转录组

分 类 号：S682.29]