文献类型：期刊文章

作　　者：孟刚[1] 王瑞娴[2] 楚渠[1]

Meng Gang;Wang Ruixian;Chu Qu(Shaanxi Key Laboratory of Sericulture,Ankang University,Ankang,725000;College of Modern Agriculture and Biotechnology,Ankang University,Ankang,725000)

机构地区：[1]安康学院,陕西省蚕桑重点实验室,安康725000 [2]安康学院现代农业与生物科技学院,安康725000

出　　处：《基因组学与应用生物学》

基　　金：陕西省重点研发计划项目(2020NY-014);家蚕基因组生物学国家重点实验室开放课题(SKLSQB1819-4);陕西省教育厅重点实验室科研计划项目(18JS001,18JS003)

年　　份：2021

卷　　号：40

期　　号：7

起止页码：2505-2512

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、CSCD、CSCD2021_2022、JST、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：为制定野桑蚕全基因组denovo测序策略及分析不同地理来源的野桑蚕(Bombyx mandarina)、家蚕(Bombyx mori)之间的亲缘关系,利用Illumina Hiseq 2500测序平台对单只雌性秦巴山区野桑蚕基因组进行Survey调研,分析基因组大小、杂合度、GC含量等基本信息,对基因组进行初步组装;从测序数据中提取并组装线粒体基因组,基于其分析家蚕、野桑蚕的系统进化关系。结果获得测序clean data 25.8 Gb,基因组预估大小为456.5 Mb,杂合率为1.94%;基因组预组装结果Scaffold N50为1792 bp,Scaffold数量为737055;Contig N50为587 bp,Contig数量为1477268。线粒体组装和注释表明,野桑蚕线粒体长度为15662 bp,包含基因37个,没有发生基因重排;系统进化分析表明,中国野桑蚕总体上可构成2个以地理来源区分的南北群体,其中北方野桑蚕群体与家蚕亲缘关系最为接近。本研究表明,野桑蚕基因组杂合率较高,后续需综合利用第二代、三代测序方法,辅以Hi-C技术,才能组装获得高质量的野桑蚕基因组图谱,同时本研究支持了家蚕驯化起源于中国北方的观点,表明陕南秦巴山区可能是家蚕的驯化起源地之一。

关 键 词：野桑蚕 基因组大小 线粒体 杂合率  

分 类 号：S888.72]