文献类型：期刊文章

作　　者：武翠玲[1] 任晨霞[2]

WU Cuiling;REN Chenxia(Department of Biochemistry,Changzhi Medical College,Changzhi 046000,China;Central Laboratory,Changzhi Medical College,Changzhi 046000,China)

机构地区：[1]长治医学院生物化学教研室,山西长治046000 [2]长治医学院中心实验室,山西长治046000

出　　处：《细胞与分子免疫学杂志》

基　　金：国家自然科学基金(31900038);山西省自然科学基金(201801D221284)

年　　份：2023

卷　　号：39

期　　号：1

起止页码：21-25

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CAS、CSCD、CSCD_E2023_2024、IC、JST、PUBMED、RCCSE、SCOPUS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：目的利用生物信息学方法分析溃疡性结肠炎(UC)的枢纽基因和关键通路。方法通过基因表达数据库(GEO)下载UC表达谱芯片GSE134025。利用R语言的Limma包筛选UC组与正常组肠黏膜细胞差异表达基因,对这些基因进行GO和KEGG分析;利用STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI)并将结果导入Cytoscape筛选出核心基因;利用KEGG mapper绘制核心基因所在的信号通路图。结果筛选出190个差异表达基因,其中147个上调,43个下调。GO分析结果表明,差异表达基因主要涉及炎症反应、细胞增殖的正调控等生物学过程,主要富集于细胞膜、质膜等细胞成分,具有肝素结合、生长因子等分子功能。KEGG分析显示差异基因主要富集于趋化因子信号通路,细胞因子受体相互作用等相关信号通路。从PPI网络中筛选出10个枢纽基因:白细胞介素6(IL-6)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、CXCL10、CXCL1、CXCL9、膜联素A1(ANXA1)、IL-1β、CC趋化因子配体20(CCL20)、CXCL2、CXCL11,其中多个基因位于IL-17调控的信号通路下游。结论发现了10个与UC发病风险相关的枢纽基因,IL-17可能通过这些核心基因调控UC的发生发展。

关 键 词：溃疡性结肠炎 基因表达数据库  蛋白互作网络  核心基因

分 类 号：R574.62] R364.5] R392.1[临床医学类]